人体有一些先天特异的代谢体质，后天罹患某种脏器疾病或食物不耐受、食物成分过敏可以成为食物禁忌的原因。如蚕豆病因细胞膜上缺乏葡萄糖6磷酸脱氢酶（G6PD）而导致红细胞膜稳定性受损，最终破裂形成血红蛋白尿。肝病和肾病如果过度食用某些种类的氨基酸，会导致代谢负荷加重失衡，诱发加重脏器衰竭。一般建议肝病以支链氨基酸为主，肾病以必需氨基酸为主。

至于食物不耐受，以半乳糖不耐受最为典型。部分人群体内缺乏分解乳糖的乳糖酶，这种特殊代谢体质在亚洲地区多见。由于肠道中不能分泌分解乳糖的酶，乳糖会在肠道中由细菌分解变成乳酸，从而破坏肠道的碱性环境，而使肠道分泌出大量的碱性消化液来中和乳酸，导致腹泻。

不只是半乳糖，有许多食物，因为缺乏相应的酶而无法被人体完全消化，以多肽或其他分子形式进入肠道，会被机体作为外来物质识别，从而导致免疫反应的发生，产生食物特异性的IgG抗体。YORK营养学实验室对2567个怀疑有食物不耐受者的调查发现，有44%的人出现慢性腹泻、腹痛、溃疡、消化不良；16%的人皮肤出现皮疹、红斑、皮肤瘙痒；12%的人有偏头痛，失眠；10%的人患哮喘；7%的人出现肌肉骨骼症状关节痛。这些症状约69%表现为慢性过程。英国过敏协会认为人群中有高达45%的人对某些食物产生不同程度的不耐受，婴儿与儿童的发生率比成人还要高。一些慢性症状与此有关，肠易激综合症、皮肤病、偏头痛与食物不耐受的关系最大。

食物不耐受可能导致皮炎和食物过敏，速发型反应有风疹、血管神经型水肿、红斑，迟发型反应可观察到的有严重皮疹。急性风疹中约有40－60%是由IgE介导的食物过敏，而食物添加剂则引起慢性风疹。

然而，现实中不少病人遵守的饮食禁忌并无根据，反而会因引发营养不良而导致癌症类疾病进展和生活质量下降。