肝癌主要病理类型为肝细胞癌（hepatocellular carcinoma，HCC）和胆管细胞癌。其中CA199主要是胆管细胞癌的标志物，而AFP则是HCC的主要标志物。此外，AFU的检测是HCC、尤其是AFP阴性的原发性肝癌和小肝癌患者诊断、疗效观察和随访的理想指标。此外，研究还发现甲胎蛋白异质体（AFP-L3）可以作为预测复发的有效指标。血管内皮生长因子（VEGF）及血管内皮生长因子受体2（VEGFR2）也在HCC的复发中有预测作用。其他的一些标志物如：细胞间粘附因子、非转移基因、类肝素酶、GGT-Ⅱ、TGF-b、u-PA、MMP及其抑制物等亦被研究证实与HCC的复发转移相关，但这些指标尚在未在临床得到广泛应用。