真性红细胞增多症发病比较隐匿，病情进展缓慢。未治疗的症状性真性红细胞增多症患者的中位生存期约为 6 ～ 18 个月，而经治疗的真性红细胞增多症患者的中位生存期约为 10 年。经治疗的真性红细胞增多症患者的总死亡率约为正常人群的 1.6 ～1.7 倍。在一项多中心的前瞻性研究中，1638 例真性红细胞增多症患者的年死亡率约为 3.7/100 人。心血管事件、血液学转化以及实体肿瘤分别占死亡原因的 45％、13％和 20％。另一项研究入选了 400 余例真性红细胞增多症患者，所有患者都接受了治疗，中位生存期为 9.1 ～ 12.6 年。最常见的死亡原因是血栓形成（29％）、血液系统恶性肿瘤（23％）、非血液系统恶性肿瘤（16％）、出血和骨髓纤维化（3％）。