采用常规染色体 R 显带技术和荧光原位杂交（FISH），可在约 80％慢性淋巴细胞白血病患者中发现染色体异常，并且这些异常不仅对慢性淋巴细胞白血病的诊断、鉴别诊断具有意义，同时指导临床医生为患者个体化的治疗方案，预测治疗的有效性以及患者的长期生存情况。国际指南依照患者长期生存情况将染色体异常分为良好、中等以及不良核型。

(1) 预后良好核型：单纯的 13 号染色体长臂缺失（13q-）。约 50％的患者出现 13q-。

(2) 预后中等核型：正常核型，或 +12。大约 15％的患者出现 12 号染色体三体，有部分研究认为其往往与病情恶化有关。

(3) 预后不良核型：11 号染色体移位或长臂的缺失（11q-）和 / 或 17 号染色体短臂缺失（17p-）。10％～ 20％的患者出现11q-，患者往往年轻，病情具有侵袭性；17p-虽然其发生率约 7％， 但由于涉及抑癌基因 p53 的突变，患者往往预后不良。

另外有部分患者出现 6 号染色体长臂缺失（6q-，发生率 7％）或 14 号染色体异常，预后意义目前无定论。