有许多因素影响着慢性粒细胞白血病的慢性期及生存期，目前常用的三种预后积分系统分别为：苏卡尔（Sokal）的预后积分系统，主要涉及指标包括年龄、脾脏大小、血小板计数以及外周血原始细胞比例；欧洲（EUTOS）积分系统，在苏卡尔积分参数基础上增加了外周血嗜酸粒细胞和嗜碱粒细胞比例；EUTOS 积分系统在伊马替尼治疗时代形成，涉及的两个参数为脾脏大小和外周血嗜碱粒细胞比例。所有指标应当是患者初次诊断并且未使用任何治疗前的参数。苏卡尔和欧洲积分系统分别将患者分为低危、中危和高危三组，而 EUTOS 积分系统将患者分为低危和高危两组。高危组患者的生存期和遗传学反应情况均不如低危组的患者。

目前国内慢性粒细胞白血病指南对慢性粒细胞白血病慢性期患者均推荐伊马替尼作为一线治疗，而欧美以及日本等将尼罗替尼和达沙替尼等二代酪氨酸激酶抑制剂与伊马替尼并列作为初诊患者的一线治疗。由于高危组患者对伊马替尼治疗反应远低于中低危组的患者，因此对中高危的患者可采取更为积极的一线治疗，例如以二代酪氨酸激酶抑制剂作为一线药物。高危患者酪氨酸激酶抑制剂治疗反应不佳时需要更积极考虑异基因干细胞移植的治疗。