异基因移植包括受者和供者两方面的因素。在进行血细胞采集前医生需要评估供者的身体情况，以排除疾病和感染导致对移植造成的不安全因素。干细胞分离前供者会接受粒细胞刺激因子皮下注射，使骨髓中的造血细胞进入外周血。分离好干细胞后冻存至移植。异基因移植大剂量化疗（预处理）为化疗或化疗联合全身照射两种方式。

结束大剂量化疗后，患者一般休息一天从而使化疗药物完全从体内清除，随后再输入新的骨髓干细胞。通常把输入新的造血干细胞当天称之为第 0 天，然后等待产生新的造血细胞。在这段时间内患者（受者）的血细胞可能会维持在较低水平，从而增加了感染的风险。接受化疗联合全身照射预处理的患者经常会发生黏膜炎，视轻重程度不同黏膜炎可能会持续数天时间。严重的黏 膜炎可以使用阿片类药物控制疼痛。

在输注造血干细胞后大约 10 ～ 14 天，新的干细胞开始生成各种血细胞。白细胞为最先恢复的血细胞，血小板的生成较白细胞慢，白细胞恢复后的几周最容易出现 GVHD 反应。