自体造血干细胞移植的步骤分为几个不同阶段。

第一、如果患者诊断为淋巴瘤，而专科医生建议你接受自体造血干细胞移植，那么在移植前必须完成一系列的检查以保证患者可以耐受移植治疗。这些检查包括评价心肺功能、肾功能等。抽血化验检查有无感染肝炎。

第二，分离干细胞前必需行颈静脉置管，以采集外周血干细胞。

第三、开始干细胞动员，即通过化疗后注射大剂量粒细胞刺激因子的方式刺激骨髓中的干细胞进入外周循环血。

第四、干细胞分离和采集。当白细胞开始恢复上升时每日监测血常规和造血干细胞计数直到达到分离要求。分离时把患者的颈静脉置管和血细胞分离机连接，患者体内小部分的血经过分离机分离后，会把含有造血干细胞的白细胞采集分装到特制的血细胞冷冻袋冷冻保存。红细胞和血小板会循环返回到患者体内。血细胞分离有可能会需要连续采集 2 ～ 3 天，每天 4 ～ 6 小时，直到采集到足够的造血干细胞。