自体造血干细胞移植是指使用患者自身的骨髓或造血干细胞进行化疗后的造血功能重建，适用于多种淋巴瘤的治疗。大剂量的化疗也有可能损伤骨髓，因此在大剂量化疗前就需要行造血干细胞的采集和冻存。在大剂量化疗后再把干细胞解冻回输给患者。通常在回输 2 周后干细胞开始分化成不同类型的血细胞。恢复最快的是白细胞。移植前采集的造血干细胞数影响移植后造血恢复的速度。采集的造血干细胞数越多造血恢复越快。在大剂量化疗后血细胞会快速减少，如白细胞减少时有较高的感染风险，需要静脉给予抗生素治疗。必要时需要输注血小板和红细胞以降低出血的风险。

自体造血干细胞移植以其无 HLA 配型限制、无 GVHD、适用范围广等优点在淋巴瘤的治疗中发挥了重要作用。自体造血干细胞移植自 20 世纪 70 年代应用于恶性血液病的治疗以来，成千上万的淋巴瘤患者从中获益，据欧洲骨髓移植协作组（EBMT）统计，1991 年内完成的移植中异基因造血干细胞移植（allo-HSCT）为 2175 例，自体造血干细胞移植（AHSCT） 为 2786 例， 而 2006 年共 605 个移植单位完成的 allo-HSCT 为 9661 例，AHSCT 为 15389 例。说明造血干细胞移植技术日益成熟，其疗效也得到认可，其中 AHSCT 较 allo-HSCT 得到更为广泛的使用。