接受自体造血干细胞移植的患者在分离干细胞、大剂量化疗过程中、骨髓造血重建前都有可能会出现一些相关问题，但总体发生率以及发生危及生命的并发症的概率非常低。

造血干细胞的采集分离过程基本无痛，可能会有轻度头晕症状出现。另外，在分离过程中为了避免血细胞凝集需要使用抗凝剂，抗凝剂会导致血钙降低，患者可能会感觉到手指和面部的轻微发麻感，通过口服葡萄糖酸钙可以缓解症状。血小板偏低的患者在造血干细胞分离前可能需要输注血小板。

预处理方案是指患者在移植前一周接受的大剂量化疗或放疗，根据淋巴瘤种类和不同的移植中心预处理方案会有变化。大剂量化疗会导致恶心、呕吐的不良反应，随着技术的进步目前移植多使用较强的止呕药，严重的呕吐反应较少见。化疗也可以损伤消化道，从口腔到肛门的整个消化道均有可能受累，可出现口腔疼痛、胸痛（类似胃灼热）、腹痛、腹泻、肛门疼痛的症状。不同预处理方案引起的不良反应程度不一，一般自体造血干细胞移植患者出现以上不良反应较轻。注意口腔清洁如漱口可减轻口腔溃疡的并发症。

移植后患者可能会出现短暂的血细胞计数减少，随着造血功能的重建会逐渐恢复。