首先，造血干细胞移植成功用于治疗淋巴瘤主要为患者在干细胞的支持下接受更大剂量的化疗成为可能。大剂量化疗有可能使侵袭性淋巴瘤获得治愈，使惰性淋巴瘤在常规化疗后复发的时间延长。由于异基因造血干细胞移植是使用正常供者的造血干细胞，因此理论上淋巴瘤复发的概率可能更低。其次，对于某些类型的淋巴瘤，供者免疫系统可以监控并杀伤淋巴瘤细胞。基于这个原因，异基因移植有治愈惰性淋巴瘤和霍奇金淋巴瘤的潜在能力。这种效应称之为移植物抗淋巴瘤效应（GVL）。但是，来源于供者的类似免疫细胞同样可产生移植物抗宿主反应（GVHD）。在这种情况下，供者免疫细胞会攻击受者的特定脏器。通常情况 GVHD 在有效药物治疗下可以得到控制，但也有可能失控导致更严重的并发症甚至死亡。因此，对于年龄较大的淋巴瘤患者一般不考虑异基因移植。GVL 和 GVHD 反应仅见于异基因造血干细胞移植。自体造血干细胞移植主要靠提高化疗剂量来治愈淋巴瘤，而异基因造血干细胞移植因为有 GVL 反应，大剂量化疗并不是必需的，因此也有专家提出小移植和非清髓性造血干细胞移植的概念，使部分不适合做常规异基因造血干细胞移植的患者接受治疗。