迄今为止，与早期胃癌预后明确相关的因素只有淋巴结的转移情况。无淋巴结转移早期胃癌患者预后明显好于存在淋巴结转移者。一项研究显示，黏膜下癌中存在淋巴结转移者生存率显著低于无淋巴结转移者（77.6％ vs 98.2％，P<0.001），存在 3 个或 3 个以上淋巴结转移者，5 年生存率显著低于只有 1 个或 2 个淋巴结转移者（P<0.001）。此外，肿瘤浸润深度与预后也有关系，黏膜内癌预后好于黏膜下癌。但目前的研究并不能证实浸润深度是早期胃癌预后的独立因素，似乎仅仅与淋巴结转移危险性相关。其他一些因素与早期胃癌预后的相关性仍存在争议。一些研究发现组织学分化程度与早期胃癌预后有关，但另外一些研究却未能证实。有意思的是，那些发现组织学分化程度与早期胃癌预后有关的研究却显示高分化 / 肠型早期胃癌预后较差，有悖于分化差的肿瘤具有高侵袭性的生物学行为这一理论。老年患者预后较差，肿瘤体积越大预后似乎越差，而凹陷型早期胃癌预后较隆起型好。小黏膜癌（<4 厘米）、浅表性癌（>4 厘米）和 Pen B变异型早期胃癌发生脉管侵犯和淋巴结转移的危险性较低，预后较好（10 年生存率达 90％），而 Pen A 变异型脉管侵犯和淋巴结转移发生率较高，预后较差（5 年生存率为 64.8％）。