肿瘤的恶性程度主要取决于肿瘤细胞类型、肿瘤细胞分化程度。95％以上的鼻咽癌是鳞癌。鳞癌又可分为高分化鳞癌、低分化鳞癌、未分化癌。高分化鳞癌发展较慢，不易被发现，发现时往往局部浸润广泛，对放疗等治疗敏感性差，局部控制较困难；低分化鳞癌发展较快，恶性程度相对较高，淋巴转移比较多见，对放疗敏感，局部控制和预后均较好。未分化癌发展较快，恶性程度高，淋巴转移和远处转移均较多见，虽然对放化疗较敏感， 但常有远处转移。

除鳞癌外，鼻咽癌的其他类型还包括腺癌、囊性腺样上皮癌、黏液表皮样癌、基底细胞癌等。这些类型癌细胞的淋巴转移比较少，但常有肺、骨等远处转移，放疗效果不佳，局部控制比较困难。

与年轻人相比，老年鼻咽癌患者中高分化鳞癌所占比例较大，低分化鳞癌两者的比例接近，未分化癌老年人的发病率稍低年轻患者。