基于数字PCR平台的液体检测的标志物开发意义?
关注问题数字PCR即Digital PCR(dPCR),它是一种核酸分子绝对定量技术。相较于定量PCR(qPCR),数字PCR可让你能够直接数出DNA分子的个数,是对起始样品的绝对定量。这两种基因检测技术有些类似,都是估计起始样品中的核酸量,但它们有一个重要的区别。定量PCR是依靠标准曲线或参照基因来测定核酸量,而数字PCR则让你能够直接数出DNA分子的个数,是对起始样品的绝对定量。因此特别适用于依靠Ct值不能很好分辨的应用领域:拷贝数变异、突变检测、基因相对表达研究(如等位基因不平衡表达)、二代测序结果验证、miRNA表达分析、单细胞基因表达分析等。
数字PCR(digital PCR,dPCR)的原理是通过将一个样本分成几十到几万份,分配到不同的反应单元,每个单元至少包含一个拷贝的目标分子(DNA模板),在每个反应单元中分别对目标分子进行PCR扩增,扩增结束后对各个反应单元的荧光信号进行有和无统计学分析,这就是直接数出DNA分子的个数,是对起始样品的绝对定量。
液体活检技术飞速发展,利用血浆游离DNA(cell free DNA,cfDNA)检测肿瘤相关分子标志物具有显著优势,尤其适用于较难通过手术或穿刺获得肿瘤组织样本的患者,并在一定程度上克服肿瘤异质性。 例如局部晚期或转移性非小细胞性肺癌(NSCLC)成人患者肺癌治疗采用靶向药物表皮生长因子受体(EGFR)酪氨酸激酶抑制剂(TKI)治疗时或治疗后出现疾病进展,这时可通过对患者血浆游离DNA检测确认其是否存在EGFR T790M突变,如果突变阳性可使用第三代肺癌靶向药物泰瑞沙(甲磺酸奥希替尼片,AZD9291)。这时采用最新的数字PCR检测血浆cfDNA中EGFR T790M突变,检测灵敏度较qPCR更高,并可检测突变丰度(突变拷贝数),预测用药的疗效。突变丰度越高靶向治疗效果可能会越好,这也是符合逻辑的,因为携带EGFR T790M突变的癌细胞比例更高,靶向药物作用的癌细胞越多。