现今发现的几乎所有肿瘤标志物并不理想，通常一个肿瘤标志物会在几种不同肿瘤中存在，同样某一种肿瘤会与好几个标志物有关。临床上往往会建立针对不同肿瘤各自的标志物组合。如，消化道肿瘤筛查项目包括CEA、CA199、 CA242、CA724等。肺癌筛查项目包括细胞角蛋白19（非小细胞性肺癌的指标）、神经元特异性烯醇化酶（NSE，小细胞性肺癌的指标）、CEA等。然而，肿瘤标志物测定成本比较高，其结果对临床导向性和对患者心理的影响都很大，因此合理使用非常重要。为使肿瘤标志物用得恰到好处，首先应当确定正确的使用方向，即主要用于评估疗效和监测病情，而不是健康人群的广泛筛查。在监测过程中只要选择一个阳性指标即可。当然还要选择可靠的测定方法，并注意标本的采集和保存。