CAl9-9可异常表达于多种肝胆胰疾病及恶性肿瘤患者，虽非肿瘤特异性，但血清CAl9-9的上升水平仍有助于胰腺癌与其他良性疾病的鉴别诊断。作为肿瘤标志物，CAl9-9诊断胰腺癌的灵敏度为79％-81％，特异度为82％-90％。CAl9-9水平的监测亦是判断患者术后肿瘤复发、评估放化疗效果的重要手段。CA199是由肝脏代谢及胆汁排泄，所以在部分肝功能不全及存在胆汁淤积阻塞的良性胰腺疾病的患者，由于其代谢及排泄途径不畅，其血清CA199的水平也会升高，故在黄疸缓解后对CAl9-9的检测更有意义，以其作为基线值也更为准确。其他肿瘤标志物包括癌胚抗原、CA50及CA242等，联合应用有助于提高诊断的灵敏度及特异度。