BCR-ABL 融合基因转阴尝试停用伊马替尼仍然处于研究阶段，不主张常规临床治疗中使用。由于检测敏感性的限制，常用分子学监测的定量 PCR 检测 BCR-ABL 融合基因敏感性为 10^-4 ～ 10^-6，通俗解释为如果 10⁴ ～ 10⁶ 的细胞中存在一个或以上的 BCR-ABL 融合基因阳性细胞可以通过目前的检查手段被发现，如果低于这个水平则检测结果为阴性，以目前标准定义为完全分子学反应。因此 BCR-ABL 融合基因阴性并不代表体内白血病细胞完全清除。有学者报道在伊马替尼治疗 4 年以上获得完全分子学反应的患者，骨髓依然可发现持续表达 BCR-ABL 融合基因的白血病干细胞，这也是慢性粒细胞白血病患者复发和耐药的根源。