采用定量 PCR 的方法检测 BCR/ABL 融合基因转录本水平是判断慢性粒细胞白血病患者治疗分子学反应的重要手段。采用国际标准化的 BCR-ABL 表达水平定义分子学反应如下：主要分子学反应（MMR）：BCR-ABL/ABL 小于 0.1％；分子学反应 MR4：BCR-ABL/ABL 小于 0.01 ％； 分子学反应 MR4.5：BCR-ABL/ABL 小于 0.0032％；分子学反应 MR5：BCR-ABL/ABLA 小于 0.0001%；“完全分子学反应（CMR）”：定量 PCR 检测未检测到转录本。目前认为并不存在真正意义上的 CMR，只是由于检测技术的限制无法检测到 BCR-ABL 转录本。目前将 MR4、 MR4.5、MR5 均称为深度分子学反应。

分子学反应程度与体内白血病细胞残留水平具有明显相关性，分子学反应程度越深表示体内白血病负荷越低，代表疾病更加稳定。酪氨酸激酶抑制剂治疗不同时点的分子学反应结合细胞遗传学反应是判断酪氨酸激酶抑制剂临床治疗效果的重要参数。