自体干细胞移植（ASCT）和异体干细胞移植（allo-SCT）已经成功应用于滤泡性淋巴瘤的治疗。但考虑到目前毒副作用且有效治疗方案的多样性，移植很少应用于初治患者。对复发的患者而言，移植仍是一个可选择的方案。在一项研究中，136 例初治且具有高危因素的滤泡性淋巴瘤患者随机接受 6 个周期的R-CHOP 方案化疗或自体干细胞移植联合大剂量化疗，结果显示移植能明显提高患者的完全缓解（CR）率，分子水平缓解率及 4 年无事件生存（EFS）率。ASCT 能延长复发滤泡性淋巴瘤患者的缓解持续时间，因此对于能耐受这种方案治疗的患者来说，这是一种可行的选择。异基因造血干细胞移植通常应用于复发难治患者，目的在于提供无肿瘤残存的干细胞且可以产生移植物抗淋巴瘤（GVL）作用。清髓性异基因造血干细胞移植推广的主要障碍是移植相关死亡的高发生率，它抵消了移植物抗淋巴瘤（GVL）对总体生存率的相关益处。但随着联合应用单克隆抗体（如利妥昔单抗）以及选择性应用预处理已经明显提高了异基因造血干细胞移植患者的预后。