食管的生理功能主要有三个方面：分泌功能、吸收功能和产生压力功能。食管的分泌功能极弱，只分泌少量黏液于食管腔内，起润滑作用；食管的吸收功能也极其微弱，只是辅助其他部分的消化道进行吸收；食管的产生压力功能保证整个消化系统正常运行，主动以原发性蠕动和继发性蠕动相结合的形式将咽下的食物或水送入胃内，这也是食管的主要功能。食管上部与咽部连接处有上括约肌，它可以防止过多的空气进入食管，同时也可防止食管内的食物反流进入咽部。食管下部与贲门相接处有下括约肌，它能帮助食物自食管进入胃内，同时阻止胃内食物反流入食管而产生反流性食管炎。

进食时，依靠食管壁肌肉顺序收缩和舒张所产生的蠕动，推动食物从咽部到胃。整个吞咽过程分为两步：第一步是舌和腭肌有意识地收缩挤压食团，使它们经咽峡部进入咽腔；第二步是食团进入咽部和食管后，食管壁肌肉自上而下依次收缩推动食团下行，最后通过贲门进入胃。

从吞咽开始至食物达到贲门所需要的时间与食物的性状及人的体位有关。液体食物需 3 ～ 4 秒，糊状食物 5 秒，固体食物需 6 ～ 8 秒，一般不超过 15 秒。