5- 氟尿嘧啶类药物是消化道肿瘤化疗的基石，其主要不良反应为：骨髓抑制，主要为白细胞减少、血小板下降；胃肠道反应，如食欲不振、恶心、呕吐、口腔炎、胃炎、腹痛及腹泻等；注射局部有疼痛、静脉炎或动脉内膜炎；常有脱发、红斑性皮炎、皮肤色素沉着；手足综合征及暂时性小脑运动失调；偶有影响心脏功能。

5- 氟尿嘧啶静点给药较静脉推注给药产生的不良反应较轻，应避免与伊立替康及奥沙利铂等药物同一时间给药以期避免严重不良反应的发生。还有一种选择是应用卡培他滨代替 5- 氟尿嘧啶同奥沙利铂同时应用。