肿瘤发生的内因主要是指人体的免疫状态和遗传易感性等内在因素。

人体的免疫系统在正常情况下，能够监控发现、抑制或者杀死大多数生长失控的肿瘤细胞，在普通人群中只有少数人会患恶性肿瘤，老年人由于免疫功能下降，恶性肿瘤的发病率高于人口平均水平。

部分恶性肿瘤具有较强的家族聚集现象，被称为遗传易感性。如对大宗乳腺癌的调查发现，5％～ 10％的乳腺癌是家族性的，假如有一位近亲患乳腺癌，则在有血缘关系的女性亲属中，患病的危险性会增加 1.5 ～ 3 倍；如有两位近亲患乳腺癌，则患病率将增加 7 倍。

人类基因组计划的研究表明，不同个体间 99.9％的基因是相同的，只有 0.1％的基因有差异。正是这极小部分的差异，可能导致了人类个体对肿瘤的易感性和对治疗反应的差异。

某个人虽然可能具备恶性肿瘤发生的内因，但并不意味着他一定会患肿瘤。因为除了内因以外，外因在肿瘤的发病过程中也起着重要的作用。