在原发性乳腺癌的现代治疗中，一些关键性决策都和预后判断有关。预后因素系指在无全身辅助治疗时，与无病生存和总生存相关的生物和临床指标。预后判断对确定那些预后好、不需全身性辅助治疗的患者尤为重要。此外，还有助于确定常规治疗预 后差而应考虑更强烈试验性治疗的患者。

(1) 手术范围。在1 ～2期的乳腺癌腋窝淋巴结清扫与详细病理组织学评估的基础上，对于腋窝有转移的患者而言，腋窝淋巴结的阳性数是所有预后因素中最有价值和最稳定的因素。通常符合要求的淋巴结清扫应至少切除10个淋巴结。受侵淋巴结的数目越多，患者的生存率越低，复发率则越高。

(2) 肿瘤大小。肿瘤大小是另一个有价值的病理预后因素，它是以数量来表示的最重要变量之一。肿瘤大小与受侵的淋巴结数有关，但具有独立的预后价值，且肿瘤越大，出现转移的时间越短。原发灶直径1 ～2.5厘米的患者，首次治疗后出现转移的中位时间为42个月，而肿块直径在8.5厘米或以上的患者，中位时间仅为4个月。对于腋窝淋巴结阴性患者，肿瘤大小是特别重要的决定预后的因素。淋巴结阴性的浸润性导管癌或小叶癌，若肿瘤直径为 1 厘米或 1 厘米以下，或者特别类型，如黏液癌、乳头状癌、小管癌，以及淋巴结阴性的浸润性癌，直径在3厘米以下，其预后都很好。在一项系列研究中，连续调查767例乳腺癌患者，其中符合上述条件者占29％，这些患者在 20年中实际无复发生 存率为87％。

(3) 其他病理学预后因素还包括分化差（组织学和细胞核的变化）、淋巴管和血管受侵（LVI）。尽管不同的观察者在评价上述病理变化可能存在一定差异，但由病理学专家来判断的这些病理变化通常与预后差有关。肿瘤细胞雌激素受体的存在与否是最重要的生化指标之一。尽管激素受体状况与预后有关，但对预后的影响不大。肿瘤中等大小淋巴结为阴性的患者，ER 呈阳性时其预后仅略好于 ER 呈阴性时，因此受体状况不能用于精确地判断预后，不能因受体阳性而省去辅助治疗。ER 状况已明确是激素治疗有效的指标。有研究表明，HER-2/neu 过量表达与无瘤生存期缩短有关，HER-2 阳性乳腺癌预后很差。HER-2 成为乳腺癌危险因素的新定义。2005 年 HERA 研究第一次分析结果发现了赫赛汀可以降低癌症复发率（无病生存率）这一前所未有的益处。另外，目前人们正在研究许多其他预后因素，如表皮生长因子受体（EGFR）和  RB、P53、Bcl-2 等，但是关于它们的临床效用，目前尚没有结论。