由于绝大多数肿瘤标志物的器官特异性不强，因此，肿瘤标志物阳性不能对肿瘤进行绝对定位。故不同器官的肿瘤表达的肿瘤标志物有可能相同。如癌胚抗原CEA是一个广谱性肿瘤标志物，由内胚层分化来的恶性肿瘤，尤其是消化道腺上皮的肿瘤有较高的阳性检出率，结直肠癌、胃癌、肺癌和乳腺癌中有一定检出率。某些良性肿瘤如肠息肉中CEA亦增高，因此CEA特异性不强，不能作为肿瘤筛选试验。但CEA可作为结直肠癌临床分期指标和病情动态检测检查。而少数肿瘤标志物，如前列腺特异性抗原、甲胎蛋白和甲状腺球蛋白等对器官定位有一定价值。