同一类肿瘤，同一种治疗方式，由于个体的不同，也会出现不同的预后情况，肿瘤标志物常可作为一个判断预后的因素，如肺癌检测中常用到的肿瘤标志物NSE（神经元烯醇化酶），这是一个检测肺小细胞癌敏感的肿瘤标志物，假如在肺的非小细胞肺癌治疗过程中，外周血出现NSE持续的反常升高，提示肿瘤可能有向肺小细胞癌转化的趋势，常常提示该肿瘤患者的预后较差，生存期较短。又如，ER、PR、HER-2是乳腺癌预后的重要指标，可以根据三者检测的情况分为Luminal-1型（ER+、PR+、HER-2-）、Luminal-2型（ER+、PR-/ ER-、PR+、HER-2-）、LuminalHER-2阳性（ER+、PR+、HER-2+）、HER-2阳性（ER-、PR-、HER-2+）和三阴型（ER-、PR-、HER-2-）五种类型，这五种类型其预后情况不同，其中Luminal-1型乳腺癌预后最好，而三阴型乳腺癌预后最差。所以说肿瘤标志物不仅在预防、诊断、治疗以及在肿瘤的预后都有不可忽视的作用。