（1） 植入失败：供者的造血干细胞不能在患者骨髓内“生根发芽”，患者的造血及免疫功能无法恢复，可能导致严重的感染和出血。

（2） 感染：移植后的患者由于免疫功能低下，感染相当常见，如细菌、病毒、真菌感染及其他特殊类型如卡氏肺囊虫感染。

（3） 移植物抗宿主病（GVHD）：这是异体移植特有的并发症，是移植治疗相关死亡的重要原因之一，即使是全相合移植，仍有30%的可能发生严重的GVHD。

此外还有肝静脉闭塞病（VOD）、出血性膀胱炎等，因治疗效果多不理想，以预防为主。