根据供者来源不同，造血干细胞移植分为自体移植和异体移植。自体移植的供体是患者自己，在疾病缓解期或肿瘤未侵犯骨髓时，提前将造血干细胞分离储存起来，经过预处理后重新回输到体内。自体移植容易植入，不存在排异反应，并发症较少，但复发率高。异体移植最重要的是要选择与患者配型相合的供体，以免发生严重的排异反应，但寻找到全相合配型的供体是非常困难的。此外，异体移植后还需服用较长时间的免疫抑制剂预防排异，并发症发生几率和严重程度高于自体移植，但由于异体移植后患者建立了全新的免疫系统，可发挥长久抗肿瘤的作用，复发率显著低于自体移植。