慢性粒细胞白血病生存期数据受病例选择及治疗的影响差异较大。1924 年闵诺特（Minot）观察 52 例未治疗慢性粒细胞白血病患者诊断后生存时间平均为 31 个月，随着治疗的不断改进生存期也逐渐延长，尤其伊马替尼为代表的酪氨酸激酶抑制剂的临床应用改变了慢性粒细胞白血病的病程，目前伊马替尼治疗慢性粒细胞白血病患者的预期生存期达到 20 年。下图显示慢性粒细胞白血病治疗方案演变对生存期的影响。

慢性粒细胞白血病死亡的主要原因是病情进展导致死亡。病情进展后粒细胞和血小板减少引起的感染和出血致死。少数患者可因治疗不当或化疗后骨髓衰竭后死亡，一部分患者死于白血病以外的其他疾患。