隔离病房也称层流病房，是一个相对无菌的病房，包括空气也是经过高效过滤器滤过的，其内所有物品也经过消毒灭菌处理。利用这个相对无菌环境减少感染的机会帮助移植成功。

化疗不仅杀伤白血病细胞，正常细胞也同样受到伤害，化疗后骨髓抑制期，即粒细胞绝对值降低时，发生感染的可能性增大。一般对正常人群无严重危害的感染，对白血病患者也许就是致命的，所以化疗期间建议进隔离病房，进行保护性隔离，以减少感染的机会。

层流病房要求消毒无菌远较普通病房严格，人员和物品的出入都有严格规定，会给患者和家属陪伴带来一定的不便，但联系是不受影响的，可以通过电话、监护屏幕和探视窗进行。