在诊断时，根据白血病细胞免疫学标志，不仅可将急性淋巴细胞白血病与急性非淋巴细胞白血病区别，而且还可将 T 细胞和 B 细胞急性淋巴细胞白血病加以区别。单克隆抗体还可将急性淋巴细胞白血病分为若干亚型。

在治疗的不同阶段，通过流式细胞仪可检测残留白血病细胞的水平，评价治疗效果，指导下一步的治疗方案的调整。

停止治疗后长期观察期间，对于缺乏特殊染色体或融合基因标志的白血病类型，流式细胞仪可用于检测残留白血病细胞的水平，早期发现病情的变化并予以及时干预，从而改善患者的病情。