虽然内镜下微创治疗对机体的创伤比较小，但也属于外科手术操作，也具有一定的危险性，还可能引起一些并发症。主要的危险性包括以下几个方面：出血、疼痛、穿孔和食管狭窄等近远期并发症。出血的发生率约 1.5％～ 24％，多发生在术中或术后 24 小时内，多数为一过性，内镜下止血便能控制；少数可有持续性黑便甚至血压下降，需特殊处理。疼痛多普遍存在，但多为一过性，能自行缓解或口服止痛药缓解。穿孔发生率较低，一旦发生并发症，往往较凶险，需及时处理。穿孔发生后可出现呕吐、下颈部皮下气肿、胸痛、腹痛等症状，经保守治疗多可控制，极少数患者需外科手术进行修补或切除。术后管腔狭窄与切除病变范围大小有关。如果切除范围大于 3/4 食管周径，70％的患者会出现食管狭窄，其严重程度可能与机体是否为瘢痕体质有关，但多数通过扩张可恢复。