30％以上的结直肠癌有家族遗传史，大概 5％的结直肠癌是由遗传变异因素所引起。

家族史与患肠癌的风险关系非常密切。如果近亲属中有被诊断过肠癌者，其本人的患癌风险会很高；如果亲属中有年轻时即患肠癌者或多个亲属患肠癌，其本人患癌风险就会更高，所以考虑结直肠癌与遗传是有关系的。

某些基因病可能增加患肠癌的概率：

(1) 林奇综合征又称遗传性非息肉性结直肠癌，是最常见的引发肠癌的基因病，2％的肠癌患者患有林奇综合征。

(2) 家族性腺瘤性息肉病是一种容易在 40 岁以后发展成肠癌的少见的基因病，是由腺瘤性息肉病基因突变造成，本病早期为数百枚生长于结肠及直肠的息肉。还有衰减型家族性腺瘤性息肉病，其遗传学基础与家族性腺瘤息肉病相同，但病情较轻。

(3)MYH基因相关性息肉病也是一种容易发生肠癌的基因病，此种疾病也会引起多发息肉的情况。

(4) PJ 综合征又称黑色素斑−胃肠息肉综合征，息肉可发生于胃、小肠和结肠，息肉性质常为错构瘤。

(5) 锯齿状息肉综合征是一种遗传性疾病，乙状结肠区域甚至全结肠范围可发现多个锯齿状息肉，此类患者罹患结肠癌的风险较其他患者明显增高。