阴茎癌可发生于阴茎的任何部位，但常见于阴茎头（48％）、包皮（21％）或二者均侵犯（9％），冠状沟（6％），阴茎体（少于 2％）。临床表现多为阴茎头部丘疹、溃疡、疣状物或菜花样肿块。继而糜烂、出血、有恶臭分泌物等。值得注意的是，包茎的存在经常延误了阴茎癌的发现。隔包皮触诊时，可摸到“疙瘩”，有肿块及结节感。晚期患者原发灶及腹股沟淋巴结转移灶可出现溃疡、化脓、出血等，出现远处转移时可出现相应部位的症状及消瘦、贫血、恶病质等全身表现。

阴茎良性肿瘤不多见，如先天和后天的囊肿、皮肤痣、血管瘤、纤维瘤、脂肪瘤、神经瘤等，梅毒、软下疳以及结核病等亦可与阴茎癌病变相似，血清学和局部涂片检查病原可以区别。