由于乳腺癌内分泌治疗抑制雌激素的作用，因此会造成类似于绝经期的一些症状，例如：潮热、月经周期改变、阴道干燥等。另外，内分泌治疗还可以影响骨的钙代谢、肝脏的脂肪代谢等。 但不同的内分泌治疗药物的副作用各有不同。

(1) 三苯氧胺：潮热、阴道干燥、月经周期改变、恶心、白内障、血栓形成及子宫内膜增厚、子宫内膜癌的发生率升高。

(2) 芳香化酶抑制剂：潮热、恶心、便秘、腹泻、胃痛、头痛、背痛、肌肉和关节痛。

(3) 戈舍瑞林：皮疹、潮热、出汗、性欲减退、头痛等。

(4) 氟维司群：注射部位疼痛、恶心、骨痛、关节炎、头痛、背痛、疲劳、肢体末端疼痛、潮热、呕吐、食欲不振、乏力、咳嗽、呼吸困难和便秘。大约有 15％以上接受治疗的患者会出现肝脏转氨酶升高，但与药物剂量无关。