肿瘤标志物不仅用于筛查，在治疗前检测肿瘤标志物还可用来辅助判断肿瘤分期，如前列腺癌的晚期患者血清PAP明显高于早期病人，检测血清PAP水平可辅助诊断分期，在治疗中还可帮助了解治疗效果，当肿瘤治疗方案无效，发生进一步继续进展以及转移时，肿瘤标志物就会持续增高，提示治疗效果不明显，此时有必要则得更改治疗方案。随着个体化治疗的发展，临床上还对乳腺癌ER、PR、HER2、KI-67进行检测，作为分子分型的依据指导临床治疗及预后的判断；还可对肺癌患者进行EGFR、KRAS等基因的检测来选择治疗相应的靶向药物，使得患者获得更好的治疗效果。